如果出现甲胎蛋白大于等于400μg/L,持续一个月或者大于等于200μg/L,持续两个月,影像学检查发现肝内占位且B超CT或者核磁至少有一项有典型的肝癌表现,就可以诊断为肝癌。但是需要与其他疾病要进行鉴别,比如慢性肝炎患者肝病活动的时候,甲胎蛋白与ALT同步升高,多为一过性升高或呈反复波动性,一般不超过400μg/L,时间也比较短暂;如果甲胎蛋白与转氨酶升高不一致和(或)甲胎蛋白持续高浓度,则应该警惕肝癌的可能。其他情况包括妊娠、生殖腺胚胎源性肿瘤以及个别的胃肠道肿瘤患者血清甲胎蛋白也可以明显升高。鉴别主要通过病史体检以及腹盆腔B超CT,必要的时候要进行胃镜及结肠镜检查。