藿香正气水可内服可外用，外用主要用于皮肤湿疹、搔痒、蚊虫叮咬、小儿痱子等病证，在皮肤科有广泛用途。治疗湿疹时，可用藿香正气水直接涂擦患处，通常每天涂3-5次，疗程为3-5天，即具有较好效果；治疗蚊虫叮咬时，可用藿香正气水直接涂擦患处，半小时可止痒；治疗小儿痱子，应据儿童年龄与凉开水按不同比例稀释，直接涂擦患处即可。内服则主要用于呕吐、腹泻、中暑、晕车、晕船等。