吡喹酮服用后常见副作用，多数是抗生素常见副作用，即头晕、头痛、乏力、腹痛、腹泻，个别严重患者可能出现胸闷、心悸等表现，极个别患者可能出现肝功能改变。

目前发现其安全性较好，部分患者有明显胃肠道症状。有基础疾病的患者，如心脏病或年老体弱，服药期间需住院观察，避免出现明显不适需要进行治疗。99%以上的患者经正规抗虫治疗可达到驱虫成功的目的。