分枝杆菌包括结核分枝杆菌复合群、麻风分枝杆菌、非结核分枝杆菌。结核分枝杆菌复合群主要包括人型结核分枝杆菌、牛型分枝杆菌、鼠型分枝杆菌、非洲型分枝杆菌。

其中人型、牛型和非洲型为人类致病菌，鼠型分枝杆菌不引起人类的结核病，主要引起鼠类的结核病。人类感染的结核90%以上为人型结核分枝杆菌所致，牛型分枝杆菌主要引起牛的结核病，但同时也可引起人类的结核病，但所占临床比例较小。