目前研究已经证实，食物与肠道菌群有着密切的相关性。常见水果、蔬菜、红酒、茶等，均能与肠道菌群共存，酸奶与肠道菌群为正相关，适当进食酸奶有益于肠道菌群。

而碳水化合物含量比较高的食物，尤其是油炸食物与肠道菌群无相关性，甚至会引起肠道菌群紊乱。例如现在很多青少年儿童喜好碳酸饮料，这类食物不利于肠道菌群的调整，建议少喝或不喝。