肝门部胆管癌患者的存活时间取决于疾病发现的时间。发现较早的患者治疗效果较好，但因早期无任何症状，大部分患者很难发现，出现黄疸时多偏晚；又因肝门胆管癌所处肝门部的位置很特殊，手术切除率较低，所以大部分患者的治疗效果较差。通过手术切除的患者五年生存率约为20%，未切除的生存率更低。