丙戊酸钠的副作用最常见的一般有肝功能损害，骨髓抑制症状如白细胞减少、贫血、血小板减少，所以服用期间需定期监测肝功能，血常规情况。另外长期服用丙戊酸钠也容易出现体重增加，嗜睡，脱发情况。育龄期女性患者可能出现月经紊乱，闭经，多囊卵巢等，故女性患者使用丙戊酸钠需注意月经，定期复查卵巢彩超情况。肾功能不全患者使用丙戊酸钠时需减量使用，有可能会导致肾功能不全加重。丙戊酸钠过敏发生率较低，有时也会出现皮疹等过敏情况。