急性感染性心内膜炎没有严重合并症积极治疗的患者，一般可以治愈。而未经过治疗的急性患者，在四周之内死亡率达100%。其死亡原因以心衰最为严重，其实是肾衰，脑栓塞，细菌性动脉瘤破裂以及严重的感染。大多数革兰氏阳性菌经过抗菌治疗，可以细菌学治愈，革兰氏阴性菌和真菌治愈率低，本病的近期和远期死亡率均较高，治愈后的5年存活率仅60%-70%，10%在治疗的数月或者数年之内再次发病死亡。