因为根管系统存在许多如根管侧枝，根尖分歧，根尖分叉等等情况存在，而使根管治疗进行根管机械预备时不能彻底清除根管内感染的牙髓，此时需要使用冲洗药物对根管进行化学预备，最常用的是次氯酸钠，EDTA，洗必泰等。对于次氯酸钠冲洗根管的浓度，一般使用0.5%至5.25%，使用次氯酸钠时应使用橡皮障进行隔离，避免刺激口腔粘膜。