小肠镜的花费与地区、医院等级以及是否术中同时做内镜下治疗有关。一般来说如果单纯只是小肠镜检查，花费大概需要7000-1万元左右，而且需要住院治疗，一般不在医疗保险报销范围之内。而如果在小肠镜检查的过程中发现病灶，需要做组织活检、息肉切除或者放置支架，费用会明显升高，具体还需要根据术中一次性的耗材的费用来决定，最终的花费可能需要1-2万元。