藿香正气水不能治疗灰指甲的，藿香正气水其主要组成成份有：藿香、防风、白芷、大腹皮、茯苓、苍术，桔梗，炙甘草等等，具有温中散寒解表化湿益气的功效，临床治疗脾胃受凉以及夏天吃冷饮导致的腹痛腹泻为主要表现的疾病，因此不可治疗灰指甲，可以用苦参，蛇床子，苍术，芒硝，五倍子，大黄，醋，白矾，白鲜皮，徐长卿等等泡脚来治疗灰指甲。