甲硝唑主要是治疗厌氧菌感染的药物。约15%-30%的病人可以出现甲硝唑服用后的不良反应，以消化道反应最为常见，包括常见的呕吐、恶心、食欲下降、上腹部不适，一般不会影响治疗。神经系统疾病症状可以有头痛、眩晕，偶尔有感觉异常肢体麻木，多发性神经炎大剂量的可以引起抽搐。手术可以引起皮肤过敏，例如荨麻疹、潮红、瘙痒，可引起排尿困难膀胱炎，白细胞下降。不过都能都是可逆性的，停药后可以自行恢复。