真菌感染需要采取抗真菌治疗，普通的抗生素及抗病毒药物一般无效果。常见的抗真菌药物如氟康唑、伊曲康唑、酮康唑、益康唑等。具体感染部位不同，用药选择也不尽相同。如常见的脚癣股癣等，可采取抗真菌药物酮康唑结合激素治疗，效果较好。如深部念珠菌感染，可采取氟康唑注射液治疗。如中枢性真菌感染，一般采取氟康唑及氟胞嘧啶治疗，一般真菌治疗应用药至无症状一周后避免复发。