根据食管胃黏膜发生异位的区域可分为食管胃黏膜上段异位症、食管胃黏膜中段异位症和食管胃黏膜下段异位症。目前食管胃黏膜中段异位症、食管胃黏膜下段异位症较为少见，亦无明确分型，而食管胃黏膜上段异位症根据症状、病理表现可分为以下五型：

1、Ⅰ型：大部分患者可无症状。

2、Ⅱ型：部分可有吞咽困难、咽下痛或声嘶、咳嗽等食管外症状，无更显著的形态学发现。

3、Ⅲ型： 少数患者有形态学改变导致的症状，如食道狭窄、食管蹼或食管气管瘘。

4、Ⅳ型：部分患者因发育异常引起恶性改变，食管黏膜上皮呈内瘤样变。

5、Ⅴ型：黏膜异位可进一步发展为上段食管腺癌，较为罕见。