紫苏籽有降气化痰、止咳平喘、润肠通便的作用，可以用于痰浊阻肺所致的咳嗽喘息、胸闷如窒、甚至不能平卧等症状，常配伍半夏、前胡、肉桂等同用，比如苏子降气汤。由于其富含油脂，有润肠通便的作用，可以用于肠燥便秘的治疗，尤其适用于肺气不足、大肠传导失职所致的便秘。由于其性味辛温，所以有阴虚咳嗽或者脾虚便溏者不宜使用。