学习技能发育障碍病因尚不明确，可能由于认知功能缺陷、生物因素以及遗传因素等多因素共同作用所导致，该障碍对易感儿童的成长产生严重不利影响，好发于神经系统损伤者、有家族遗传病史者、学习环境不良者。

1、遗传因素：研究表明，阅读困难有家族遗传倾向，双生子的研究也显示同卵双生的发病率比异卵双生高。基因连锁分析提示在第15对染色体上存在有以常染色体显示方式遗传的基因位点；也有报道在第6位染色体上的基因位点。

2、认知缺陷：可能由于大脑某种机能失调，导致孩子的认知加工过程紊乱，导致认知功能缺陷所致。

3、环境与家庭因素：家庭没有良好的教养方式、学校的学习环境不利于孩子成长等，都会造成孩子发生学习技能发育障碍。

4、神经系统损伤：围产期受到伤害，如缺氧、窒息等或中枢神经系统损伤、功能障碍和结构异常导致。