小儿先天性巨结肠的手术花费大概在1~2万左右，因为地域差异、病情轻重、医院等级，也会导致费用有所差异。目前小儿先天性巨结肠的治疗技术已基本成熟，患儿若能早期诊断、早期手术的话，术后效果还是令人满意的。但是行手术治疗最好是去正规三甲医院专科，因为手术中医者的技术、术前准备措施以及术后恢复所需的功能训练，还是权威专家更能降低手术风险率。