免疫器官是指含有淋巴组织为主的器官，主要分为中枢性的免疫器官，以及外周的免疫器官。

中枢性的免疫器官在人和哺乳动物里，主要有胸腺和骨髓，是免疫细胞发生分化和成熟的地方。外周的免疫器官是已经成熟的T淋巴细胞，及B淋巴细胞定居的地方，包括全身各处的淋巴结，如脾脏、肠壁的淋巴结，呼吸道黏膜的淋巴结，阑尾以及扁桃体。

如果免疫器官出现异常，也会影响患者的健康。如果有异常，建议及时去医院就诊。