在胚胎三胚层期，虽然在形态上没有可见的差异，但各胚层在分化潜能上开始出现一定的局限性，只趋向于发育为本胚层的组织器官，细胞已经具备按特定的方向分化，最终形成一定表型的细胞的能力，这种细胞在分化之前就已预先确定了其未来的发育命运，只能向特定方向分化。这种现象称为细胞决定。影响细胞决定的有两方面的因素：1、卵细胞的极性与早期胚胎细胞的不对称分裂，细胞的不对称分裂使存在卵细胞中的mRNA并非均匀分布的在细胞分裂时这些决定因子不均匀地分配到子细胞中，造成两种子细胞命运的差异。如高等脊椎动物卵中的生殖质，在卵裂开始时就不均等地分配到不同的卵裂球中，有生殖质的卵裂球将发育成原始生殖细胞，无生殖质的卵裂球就发育成成体细胞；2、发育早期细胞间的相互作用。一个细胞的命运可由相邻细胞决定，如囊胚中的内细胞团可以分化为胚体结构，而位于外层的滋养层细胞则分化为胎膜成分，细胞间的相互作用会影响细胞内某些基因的关闭或某些基因的表达。细胞决定一般是稳定的，如两栖类原肠胚早期到晚期之间的某一时期细胞分化的方向开始决定，一旦决定，细胞分化方向不会因为环境改变而变化。