做肠镜的危害和副作用主要分为操作中并发症、操作后并发症两大类，但总体来说，肠镜检查是一种较安全的检查方法。

1、操作中并发症：主要是出血和穿孔。患者在操作过程中常会因各种原因出现或多或少的肠出血，多因活检切除过大、息肉切除、电凝止血不足等原因所致，需及时止血。患者在肠镜检查时可能会出现肠穿孔，出现剧烈腹痛、腹胀、腹膜炎症状，需立即进行治疗；

2、操作后并发症：常见的是肛门不适感及腹胀，属于正常反应，可以通过散步等方式缓解。还可能出现恶心呕吐，对症处理即可，如应用止吐药物处理。另外，治疗性肠镜术后有一定的感染风险，可以通过口服抗生素来进行治疗。

患者若进行了肠息肉切除、活检等镜下操作，应在肠镜后禁食8小时，27小时内只能进食半流质食物，避免对肠道造成二次伤害。